Modernizacja SISC jest prowadzona z udziałem wykonawców zewnętrznych wyłonionych w postępowaniach przetargowych. Jednak niektóre prace - m.in. dotyczące obsługi procesu zwrotu VAT dla podróżnych (TAX FREE) czy procesu obsługi wniosków o wydanie Wiążącej Informacji Taryfowej (EBTI PL2) - są prowadzone siłami własnymi KAS.
Modernizacja komponentów: AES, ARIADNA2, CYFROWA GRANICA, EMCS PL2, ISZTAR4, NCTS2, OSOZ2, PDR PL/UE, PKWD-SINGLE WINDOW, RPS, SATOS, SEAP, TAX FREE, SZPROT, ZEFIR2 i ZISAR odbywa się w ramach Projektu „Platforma Usług Elektronicznych Skarbowo-Celnych (PUESC)”, który został uruchomiony decyzją Ministra Rozwoju i Finansów z 21 sierpnia 2017 r.
Realizacja Projektu PUESC została dofinansowana ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa na lata 2014-2020, Oś priorytetowa nr 2 „E-administracja i otwarty rząd", Działanie nr 2.1„Wysoka dostępność i jakość e-usług publicznych". Porozumienie o dofinansowanie przedsięwzięcia podpisano 18 grudnia 2017 r.
Całkowita wartość Projektu PUESC to 144 616 292,00 zł, w tym wkład funduszy europejskich to 121 347 818,92 zł.
Projekt zakłada budowę nowych i modernizację dotychczasowych komponentów SISC oraz dostarczenie infrastruktury i sprzętu na potrzeby przejść granicznych oraz hurtowni danych.
W jego ramach zostanie zmodernizowany również m.in. portal usługowy puesc.gov.pl (Portal PUESC). Zapewnia on dostęp do e-usług publicznych KAS, szczególnie w takich obszarach jak: import, eksport i tranzyt towarów, obrót wyrobami podlegającymi akcyzie, przewóz towarów objętych systemem monitorowania oraz statystyka obrotu handlowego towarami między państwami członkowskimi Unii Europejskiej (UE).